Le Berger Australien possède un pelage mi-long, dense, avec un sous-poil variable selon la saison. Le poil est droit ou légèrement ondulé, avec des franges sur les pattes et la poitrine. Les couleurs les plus fréquentes sont bleu merle, rouge merle, noir tricolore ou rouge tricolore.

Ce pelage offre une bonne protection contre les intempéries. Il demande un entretien régulier, surtout en période de mue : un brossage plusieurs fois par semaine est conseillé pour éviter les nœuds et éliminer le sous-poil mort.

Le toilettage n’est pas indispensable, mais un bain occasionnel avec un shampoing adapté permet de conserver l’éclat et la souplesse du poil. Une huile de soin permet d'hydrater et d'adoucir le poil.